Berkembangnya ilmu kedokteran dan teknologi kedokteran dengan sangat pesat menghasilkan diagnostik yang cepat dan tepat. Menyadari hal tersebut Rumah Sakit Jogja telah mengembangkan teknologi pelayanan canggih guna memberikan pelayanan yang lebih baik bagi masyarakat Yogyakarta dan sekitarnya. Endoskopi merupakan salah satu teknik pelayanan canggih tersebut.

Untuk menegakkan suatu diagnosis yang mendekati ketepatan, Rumah Sakit Jogja menyediakan layanan unggulan pemeriksaan endoskopi. Alat yang ada merupakan high-tech endoscopy yang sementara ini belum dimiliki oleh RSUD lain di DIY ini ditunjang oleh Dokter Ahli Penyakit Dalam yang sudah dilatih di Jakarta sehingga keamanan dan kenyamanan pasien dapat terwujud dalam mendapatkan pelayanan endoskopi.